不知道你说的gr是什么，如果我没猜错的话是不是JR。JR 只不过是Japan railway 的缩写。 所以没有什么特别的流程。不过要提一下的就是JR的线路和车次非常的多，不同的车次和线路所谓的流程也是不一样的。 一般可以简单的分成以下几种。
普通短线列车，这种就非常多了，不过大部分在大城市内部，比如东京的山手线，中央线，这些列车直接买票进站就可以乘坐了，全车只有一种座位，所以不存在差异化，而且这些列车的车次也很多，山手线高峰的时候1分钟左右就有一趟。
普通列车，带有绿色车厢。 这种列车和普通列车一样，不过可能会有几节绿色的车厢，这个车厢有些类似于我们高铁的商务座。环境很好，又指定的位置，当然也要收取一定的额外费用，而且还挺贵。 比如湘南新宿线等。
部分特急列车。日本很多列车比如东急线，分成普通列车，快速列车和特急列车，和普通线比起来就是很多车站不停，但是车资是相同的。只是你可以选择乘坐那种类型的列车而已。 但是还有一部分列车的特急列车是需要单独购买一个特急票的，也就是说你买票的时候会有两张票，一张是乘车券，一张是特急券。如果只有乘车券，上车是需要补票的。
部分专线列车，这些列车为了让你更好的体验沿线的风景而设置的专线列车，这种会包括午餐或者其他的餐饮，而且只能提前进行预定，全车指定席。而且必须预约餐饮，并且不能太晚取消。比如伊予物语号等。
新干线。新干线应该是日本城际交通最重要的了吧，新干线也是分成指定席和自由席。一般指定席要比自由席贵一些。但是保证你肯定是有位置的，不过和自由席的座位区别不是很大。 在预约的时候也需要额外的费用。新干线要看线路，有些线路一般不需要预约，比如东海道新干线。但是有些线路班次就非常少了，那么能预约就尽可能的预约，以免到时候买不到票。