简单分就是按照JR三家的管辖范围来分，热海以东是JR东日本，热海-米原是JR东海，米原以西是JR西日本，支线也相应的分到三家公司（JR货物有一条从大阪货物站到吹田的线路，这里忽略不计了）。按照运行形态上，JR东海部分又可以分为名古屋地区和静冈地区，以丰桥为界这两个地区之间虽然也有不少直通的车次，不过总体上两边的运行是分开的。热海方面，JR东有一部分车次会到达沼津，另外特急踊り子到三岛，夜行的ムーンライトながら一直到大垣，JR东海的车次都到热海为止。米原方面，JR东海和JR西都没有向对方线路直通的普通车次（以前JR西有直通到大垣的，不过前两年取消了），特急方面名古屋到北陆的特急しらさぎ在米原换向上北陆本线，大阪到高山本线方向的特急ひだ过米原到岐阜上高山本线。另外就是卧铺特急“SUNRISE出云”和“SUNRISE濑户”，走完东海道本线全线，由三家JR共同担当乘务。（感谢评论区补充）
更加精确的分就会涉及到各个运行系统了。
从东京到品川，东海道本线一共有四组复线，分别供山手线、京滨东北线、东海道本线以及横须贺-总武快速线（在地下）运行。山手线在此区间各停，京滨东北线高峰期在此区间各停，非高峰期跨一部分站，东海道本线和横须贺线只停新桥。
到品川后，山手线到大崎方向，横须贺线转入品鹤线。在品川-横滨之间，京滨东北线各停，东海道本线只停川崎，一共两对复线（到鹤见之后货物线和横滨线加入线路就多了）。
品鹤线是东海道本线的支线，从品川到鹤见。横须贺线经过这条线从品川到横滨。同时，湘南新宿线和埼京线-相铁直通由山手货物线转入这条线，湘南新宿线到横滨，相铁直通线从武藏小杉后转入东海道货物线一直到羽泽横滨国大站转入相铁线（虽然经过鹤见但不停车，因为货物线在鹤见没有站台）。同时湘南ライナー的一部分车次也经过东海道货物线和品鹤线。东海道货物线也是东海道本线的支线，包括鹤见-东京货物站-滨松町和鹤见-横滨羽泽-东户冢-小田原两段，其中鹤见以北没有客运，东户冢以南与东海道本线挨在一起。品鹤线和东海道货物线都是复线。此外东海道本线在东京圈内还有几条货运支线，不过因为没有客运就不再赘述了。
横滨到大船之间，横须贺线/湘南新宿线各停，东海道本线跨两站，一共两对复线（加上东海道货物线后是三对）。
大船到小田原，东海道货物线和东海道本线组成复复线。
小田原往西一直到草津都是复线，其中包括了JR东小田原