从历史来看，日本自引入铁路至二战战败，就一直存在政府资金不足以满足干线建设运营的困境。而各地经济发展对于通勤的需求，催生了各种地方性质的通勤电车路线。当时的日帝政府对此基本无暇兼顾，即使出台限制性法令（比如轨距统一，运营权收归国有之类的）也未能完全贯彻，达到出现全国统一的铁路公司的目的。等到战败至美国占领军再次放开日本的工商业发展，私铁跟国铁JNR也一样发展起来。由于经济复苏，私铁跟JNR分享各发达城市的通勤客流，而JNR还有大量的长途客流，不得已才有60年代起步的新干线建设投运热潮，以实现近郊城际通勤与长途客流分离的目的。
JNR自60年代因新干线建设投运转入负债运营，虽然各发达城市客流大，但是之外的乡下却没多少人，各发达城市挣的钱补贴乡下导致始终未能扭亏为盈，后于80年代拆分为JR东西海北九四货七家私营企业。这七家目前的经营情况东西海一档盈利能力超强，九货二档能小赚，剩下是北四都是赔钱货，营收不如JR的品川站。因JNR原地炸裂，不挣钱的线路转入地方、停运或者拆除成了日常，其中JR北海道拆的最多最狠，但是一样还是日常赔钱，就看啥时候本社爆破了。
PS：其实JR北四还是国营，因其连年亏损实在找不到接盘的下家。感谢 @DF4D 指正。顺便其他赚钱的几家除了JR货均已股票上市。超赚钱的三家主要是依靠新干线、都市通勤圈、车站附属房地产租赁等方式实现盈利。新干线就不说了，可视为城市通勤线plus。通勤铁路则怎么方便怎么来吧，反正花样就那么几种，一般是线路容许速度、电气化、四线化、提升车辆加减速性能、提升车辆限速及优化乘坐环境、挖掘信号系统潜能等等，但是这些都只能算铁路基操，算不得通勤特异化，真正的通勤特异化是指专线运营、车门自动化及多布局化、站立乘车优化、换乘优化等等。车站附属地产租赁则更是坐地收租，而且不少车站都是市内黄金地段，不愁租不出去。这一点其实稍微多句嘴，早期的车站还兼营商店餐馆澡堂旅馆啥的，自然地形成人流中心，后期搞出车站写字楼以吸引各种公司商场餐馆啥的入驻，让旅客极快地满足出行之后的需求，自然可以坐地收租盈利。
单独提一句JR货。JR货没有自己的线路，付钱租用各社的线路点单跑。但是JR货也是高度特异化的企业，其车皮就两种，一车五个超短箱的特制集装箱平车跟危化品罐车。集装箱平车保证快速装卸，危化品罐车保证点对点运输。运行点单基本上可以视为特急，在某些