对于设备和设施来说，工程师在初始产品设计的时候就应该将安全因素考量进去。这也是为什么世界范围内不同的国家和地区都有对各种产品的安全认证，比如CE认证，UL认证等等。安全是头等大事，设备与系统在完成基本功能的前提下要尽可能的把安全隐患作为系统的一部分设计进去。
系统规划在仓储物流自动化项目的规划阶段，规划人员应该综合多方面的因素，在整体布局和系统配置时需要把安全也作为规划工作里的一部分
比如：
搬运设备通道与行人通道分开布局在设备占地范围内给维护人员留有可以进行安全维修的位置或区域设备区域要避免与消防通道或者逃生路线的干涉将强电的电气接入位置或者有一定危险系数的设备要尽量布置于与操作员较远的距离处有人参与操作的工序中，要有人体工程学设计有重载的货物存储时，要考虑土建的承重能力……2，设备的自身的安全装置
有些仓储物流自动化设备有着大量丰富的应用案例，经过多种应用场景下积攒的经验，很多安全的部件设计也逐步的集成到系统里。在自动化物流系统里，可以经常看到如下的一些设计：
安全护栏在高速运行的设备区域，经常会看到有一层安全护栏将设备围在中间，作为安全防护的第一层保护。比如机械手在高速运转时，如果夹具某些时候失灵，可能会造成货物离开夹具飞出去，如果周边有操作员或者维修人员经过时会非常危险。通常要进入这些区域维护时，首先要将设备在安全护栏外将设备停止然后再进入。一般高架库里的堆垛机工作范围也会有同样的安全护栏设置，以免发生维修或其它不确定场合下发生的安全事故。
缓冲死挡自动高速搬运设备在通常情况下会按照提前预设的程序种指定的速度加速和减速运行，在正确的位置处停下来完成存货或者取货的动作。某些极端情况下，如果设备失控，可能会以很快的速度冲向终点，如果真的发生此种情况，会非常危险。因此在高速设备的终点位置会装有一个缓冲装置来防止高速设备脱轨从而引发重大事故。比如堆垛机的轨道末端会有配有缓冲死挡放置堆垛机失控冲出轨道，再比如提升机的最低位和最高位置也会配有一个缓冲放置提升