谢邀～
首先上结论：理论上该吃掉，实际上大部分情况下不推荐吃掉。
日料刺身摆盘三兄弟：菊花，紫苏，萝卜丝。
这些东西主要的作用：好看；有一定的杀菌效果；与刺身的味道配合吃起来还不错。
好看是最关键的(￣▽￣)
然后是味道，紫苏味道浓烈，萝卜丝辛辣，菊花芳香，与刺身相配可以起到去腥的效果，一起吃的口感也不错，不少人喜欢。
另外紫苏由中国传入日本的时候，传说是可以解除食物中毒的，刺身当然是很容易作死的东西。。其他紫苏也有一定防腐作用，因此古代日本人相信紫苏与刺身一起就可以不用担心中毒了。
所以理论上，按照刺身食用的传统紫苏是应该一起吃的。
当然实际情况是另一回事了╮(￣▽￣"")╭
实际上为了摆盘漂亮，现在刺身所使用的紫苏培育时候都使用了大量的农药，成熟后也有不少的农药残留。不止中国，在日本平成20年和26年都有过紫苏因为农药超标而发生的召回事件。网络和电视调查也显示在日本，不吃刺身装饰紫苏的明显比吃的多。
以上。