1、外形
马头琴与二胡都有较为细长的琴杆（占到琴全长的60％以上），二胡尤为细长。二者共鸣箱都较小。这是由于中国传统造型和音乐审美取向造成的。中国的民族乐器结构，其构造的科学性从前不在乐器制造者范围内。
乐器工匠们更多考虑的是乐器外观的美观，比如二胡，其瘦长的构造，就是一个标准中国人的典型体型的抽象。而马头琴虽然目前是梯形共鸣箱，可以看出，其前身潮尔，却有着倒置梨型的音箱。或者说，有点像马的颅骨的横切面。也许马头琴那个动人的传说也与此有关。
2、 弦索
弦是拉弦乐器的振动体，是声音的来源。中国民族乐器的弦索从前多由多股蚕丝绞在一起，拧成一股，二胡的弦亦如此。自上世纪五、六十年代以来，改良金属琴弦基本上取代了蚕丝弦，极大地改良了二胡的高把位音质，拓宽了二胡的音域。然而，与世界上几乎所有弦乐器都不同的是，传统马头琴的琴弦是由极多根散马尾构成，它们被梳成一束，并不交叉，而是平行地拉紧在琴上。
因此，马头琴的琴弦准确地说，不是两根弦，而是两束。这之后，虽然马尾弦丝被尼龙丝（Φ=0.15 或0.18 mm）取代，然而其多弦丝组成一束弦的特征被完整地保留了下来。这样的多弦丝特征几乎成为了马头琴区别于世界其他任何乐器的一个特征，也成为了马头琴独特音色的发声基础。
3、关于共鸣箱
马头琴与二胡一样，都是蒙皮面乐器。只不过二胡一般蒙蟒皮，京胡是青蛇皮，总之是蛇皮。而马头琴有蟒皮面的，有牛皮面的，甚至有马皮面的。这从一个方面说明了就在不远的过去，马头琴的制造还很不规范，没有统一的标准。另一个方面，充分说明了马头琴的主人草原牧民们就地取材，因地制宜的创造性。这两个方面都是少数民族乐器的共同特征。
4、 琴弓的问题
马头琴，作为中华民族乐器大家庭中的一员，与二胡琴弓系统的最大区别在于，胡琴的弓毛是夹在两条弦中间，而马头琴的弓子完全在弦之外，是所谓“解放”的弓弦系统，与提琴弓形状性能类似。弓子被解放出来有很多的好处，例如最简单的，可以演奏双音，这在胡琴传统技法中是不可能实现的。