1、性质不同：柴胡为《中国药典》收录的草药，药用部位为伞形科植物柴胡或狭叶柴胡的干燥根。银柴胡为石竹科植物银柴胡的根。
2、长度不同：银柴胡根呈类圆柱形，长15-40cm，直径l-2．5cm，支根多已碎断。柴胡呈圆柱形或长圆锥形，长6～15cm ，直径0.3～0.8cm。
3、性状不同：柴胡表面黑褐色或浅棕色，具纵皱纹、支根痕及皮孔。银柴胡皮部甚薄，木部有黄，白色相间的放射状纹理（射线与木质部束相间而致）。气微味淡，略甘。
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注意事项：
1、肝阳上亢，肝风内动，阴虚火旺及气机上逆者忌用或慎用柴胡。
2、柴胡与皂荚、女莞、藜芦相克。
3、大叶柴胡的干燥根茎，表面密生环节，有毒，不可当柴胡用。
4、类肾上腺皮质功能亢进综合征者、抑郁症者及婴幼儿、老年人不宜大量长期服用。
5、柴胡轻清气薄，升散而燥，故真阴亏损、肝阳上亢、口舌糜烂者忌长期大量服用柴胡。柴胡能降低血压，减慢心率，故低血压及心功能不全的患者也不宜大量或长期应用该制剂，柴胡可升高血糖，糖尿病用户慎用。
参考资料来源：百度百科-银柴胡
参考资料来源：百度百科-柴胡