1、产生的原因不同
（1）健美操最早是美国太空总署的医生库帕博士为了太空人而设计的体能训练内容，在20世纪80年代初以其强大的生命力风靡世界，自1985年开始，发展成为了竞技性运动项目。
（2）啦啦操最初是为美式足球呐喊助威的活动发展而来的，至今已经有100多年的历史，发展至今成为了一项普及性极强，深受广大群众喜爱的，集舞蹈、体操、健身、音乐、娱乐于一体的体育项目。
2、比赛的项目分类不同
（1）健美操的比赛主要包括了竞技操比赛和健身操比赛（单人、混合双人操﹑三人、六人）。
（2）啦啦操的比赛分为了舞蹈啦啦操和技巧啦啦操，舞蹈啦啦操又分为街舞、花球、爵士等，舞蹈啦啦操又分为轻器械（采用花球等道具的舞蹈动作的表演形式）和徒手（以徒手舞蹈动作的表演形式）两项。
3、锻炼目的不同
（1）健美操是以强身健体作为最终的目标，以有氧运动作为基础，以身体练习作为基本的手段，达到塑造形体、增进健康、娱乐休闲、改善气质的目的。
（2）啦啦操是以培养团队精神作为最终的目标，通过队员展示出的高超技能技巧和完成的舞蹈动作，集体体现出健康向上、青春活力的团队精神。