中国境内的柯尔克孜族，又称吉尔吉斯族，是中亚五斯坦之一吉尔吉斯斯坦的主体民族，约占总人口的七成，属蒙古人种和欧罗巴人种的混合类型。柯尔克孜意为“山里游牧人”，是一个古老的游牧民族。
汉朝时，匈奴冒顿单于征服漠北各部落，其中就有一个叫“鬲昆”的部落，《汉书》作“隔昆”，“鬲昆”或“隔昆”就是柯尔克孜族的先民。汉朝征服匈奴后，大部分摆脱了匈奴统治，一部分随匈奴西迁至今新疆天山和中亚一带。此后又先后为鲜卑、柔然等族所统治。
隋唐之际受突厥统治，并与突厥有姻亲关系。贞观初，突厥被唐太宗击破，契骨归附于薛延陀，薛延陀可汗派一俟利发失钵屈阿栈为都督，隶属于燕然都护府。此后数十年中，与北方各族、与唐朝都保持了良好的关系。唐朝中期，契骨为回纥打败，臣服于回纥，此后被称为黠戛斯，黠戛斯在其首领阿热领导下，逐渐强盛，并发动了反抗回鹘统治的斗争，建立了黠戛斯汗国，拥众数十万，胜兵八万。
契丹族兴起，黠戛斯成为契丹政权辽的属国，辽在辖戛斯设“辖戛斯国王府”。蒙古兴起时期，柯尔克孜族受到蒙古的侵袭。明朝时期，柯尔克孜族的近邻西蒙古瓦剌部强盛起来，柯尔克孜族又成为瓦剌的属部。随着瓦剌首领也先的死亡，瓦剌势力衰弱，逐渐西迁到额尔齐斯河一带。柯尔克孜从此摆脱了瓦剌的统治。
清朝初年，蒙古准噶尔部逐渐强大，柯尔克孜族大部分成为准噶尔的属部和属地。清朝末年俄国势力逐步东侵，第二次鸦片战争时，沙俄乘机与清朝签定了《中俄北京条约》，给清政府强加了一条西北边疆地区中俄边界的分界线，把大批柯尔克孜部落划归俄国。1917年建立苏维埃政权，后成为苏联的加盟共和国，1991年宣布独立，改国名为吉尔吉斯共和国。