档案整理是指将处于零乱的和需要进一步条理化的档案，进行基本的分类、组合、排列、编号、编制目录、建立全宗等，组成有序体系的过程。
更全面地说，档案整理是档案实体整理和档案内容整理的统称，是档案管理的一顼重要内容。档案内容整理，主要包括对档案文件的内容真伪的鉴别，对档案内容客观性的考证及编纂出版档案史料等活动。档案实体整理，主要是将零散的和需要进一步条理化的文件或档案，进行基本的分类、组合、排列、编目，组成有序的档案整体的工作过程。通常所说的档案整理，主要指档案的实体整理，它包括以下三方面的工作内容：
（一）档案馆对接收与征集档案的整理1、系统排列和编目在正规的工作条件下，档案室主要接收文书部门和业务部门按照归档要求立好的案卷，档案馆主要接收机关档案室根据入馆要求整理移交的案卷。这样，档案室和档案室馆的档案整理工作，主要是对所接收的档案，在更大的范围内进一步系统地整理，如全宗和案卷的排列，案卷目录的加工等等。
2、局部调整对于已经整理入馆、入室保存的档案，经过管理实践的检验或专门质量检查，档案馆和档案室需要对其中不符合要求的档案进行一定的加工以提高其质量；另一方面，某些档案材料由于保存的时间校长，其自身或档案整理体系发生了变化，因此也必须对其进行整理。
3、全过程整理档案馆、档案室有时也接收和征集一些零散的文件，这就必须对档案进行全过程的整理工作，包括区分全宗、全宗内档案文件的分类、组卷、案卷排列、编定档号编制案卷目录、全宗档案的系统排放等。