成年海鞘与典型的脊索动物几乎没有相似之处，但它们变态前的蝌蚪幼虫（海鞘和海樽两类尾索动物的幼体，形似蝌蚪，其身体分为躯干和尾部两部分，变态后尾部消失）清楚地显示出脊索动物门的四个基本特征：背神经管（tubular nerve cord）、脊索（脊索动物体内的一种条状结构。也存在于脊椎动物胚胎时期，在脊椎动物成体中部分或全部被脊椎所代替）、退化的的咽鳃裂（rudimentary pharyngeal gill slits）和肛门后尾巴（post-anal tail）。另一个重要的特征是咽出现的内柱（endostyle），它像脊椎动物中进化出的甲状腺。
摘自《坎贝尔生物学》幼虫固着后，卵黄营养幼虫进行变态，在此期间，除了咽部的内柱和咽鳃裂外，它们会失去了其他这些特征，然后这些幼虫开始发挥功能并繁殖，形成鳃囊branchial sac。“被囊类tunicate” (被囊亚门Tunicata) 的名字来自于包裹该动物的含有多糖的被囊（tunic）。各种蛋白质和血细胞出现在被囊中，在一些物种中还会出现针状体spicules。海鞘通过口部水管oral siphon 从水中过滤食物，将水引入鳃囊，在鳃囊中，食物(如微藻)被过滤到粘液网中; 水、粪便和配子通过出水管排出。水流中悬浮的颗粒物沿着鳃囊壁被截留在由内柱产生的粘液网中。粘液网的孔径范围从0.1µm到1µm，使海鞘能够过滤非常小的颗粒物。日本、韩国、法国和智利培育了一些作为食物的物种，或者直接从岩石海岸挖取供人类食用或用作诱饵。在过去二十年中，海鞘在发育、进化、免疫学、天然产物和生态学等领域取得了巨大的进展。它们的小基因组、小细胞数量和(通常)短生命周期使它们成为发育生物学家青睐的模型系统。研究被囊动物亚门相对于脊索动物门中其他亚门的系统发育位置对于理解脊索动物进化的可能机制至关重要。海鞘对自