第一，法律与行政法规的制定机关在性质、组织形式和运作方式上存在差别。
在我国集中统一领导的政治体制下，国家机关的性质、组织形式和运作方式的差异表现得不是很明显，很多人也并不是特别在意。其实，全国人大及其常委会属于民意机关，实行合议制；国务院属于行政机关，实行首长负责制。两者具有一定区别。
合议制机关对议案的表决，通常实行少数服从多数的原则。例如《中华人民共和国全国人民代表大会组织法》第三十一条规定：“常务委员会审议的法律案和其他议案，由常务委员会以全体组成人员的过半数通过”。在这种情况下，合议制机关的领导是不能在没有通过表决的情况下强行通过议案的。
而首长负责制机关审议的议题，通常由行政首长在听取大家意见的基础上作出决策，以行政首长的意见为准，不一定是多数意见。例如《重大行政决策程序暂行条例》第三十条规定：“决策草案应当经决策机关常务会议或者全体会议讨论。决策机关行政首长在集体讨论的基础上作出决定。讨论决策草案，会议组成人员应当充分发表意见，行政首长最后发表意见。行政首长拟作出的决定与会议组成人员多数人的意见不一致的，应当在会上说明理由。”看，行政首长是可以在与多数人意见不一致的情况下作出决定的。（需要注意的是，这个《重大行政决策程序暂行条例》并不适用于政府立法决策，我在这里引用这一条只是为了说明首长负责制机关的议事规则，因为我暂时还没找到行政法规的议事规则嘿嘿）。
法律是民意机关根据少数服从多数原则表决形成的规范性文件，行政法规是行政机关中由行政首长决定制定的规范性文件。二者的正当性和立改废程序是不同的。法律一经制定，就必须经过民意机关再次表决通过才能废止；行政法规制定出来后，行政首长还是可以决定废止。所以，当一个规范从行政法规上升为法律之后，想要改掉它会变得更难，它的严肃性、稳定性会得到增强。
（当然，前面也说了，在我国的政治体制下，这个情况表现得会不如其他一些国家明显。在一些国家，修改法律需要获得民意机关的多数席位，还要防止少数派在议事程序上阻挠；而修改行政机关颁布的命令，只需要赢得大选并就职后就可以马上实现）
第二，法律和行政法规在立法权限上存在差别。
这涉及到依法行政原则中的一个重要子原则——法律保留原则。根据