题主所问问题的根据是汉藏语系吧。
语言方面，莫说3000年，我们现在说的北方官话都和民国之初不同了，这才仅仅100年，更何况那个时代尚未统一的“上古汉语”。况且语言也会随着地域和时间发展，好比腓尼基语不就演变成了诸多欧洲语言。地域方面，口音这个东西相信不需要我赘言了。
硬要说的话，或许黄帝时代的汉藏之间是不存在语言障碍的。可经过各自发展的几千余年，我们现在已经无法互相交流了。
另外，汉族和藏族之间有共同祖先还是比较可信的，证据方面可以看看世界基因图谱。