题主的两问应该分开看，一个是“为什么紫苑镇的背景音乐这么恐怖”，另一个是“任天堂为什么给紫苑镇配这么恐怖的音乐”。
第一个问题“为什么紫苑镇的背景音乐这么恐怖”应该从两方面来探讨，配器与作曲。
早期的游戏容量十分有限，音频只能通过midi序列来存储，直接存储音频的波形（诸如现在的wav与mp3格式）是很困难的。通俗一点就是“音乐我塞不下，我把乐谱给你，到演奏的时候你来演奏”。而Gameboy的发声装置（也就是里面有的乐器）只能发出方波、三角波和噪声。熟悉模拟电路的人会知道，方波与三角波的发生电路是十分简单的。这样的话只要把电压信号转化成振动信号就有了音乐。
初代紫苑镇的背景音乐完全是由方波组成的。听惯了普通音乐的人再去听这些完全由电子合成的死板的波叠加而成的音乐（以下称8-bit音乐）首先就有一种压抑的感觉。
（有一个符干方向画反了，见谅）
从作曲角度，就以主旋律前4小节为例。初代（RGB版）的高音部分有一个不停重复不很和谐的C G B #F，在第4小节连续出现小二度和增二度不和谐音程。主旋律最后一个音落在C上，却难以判断它的调式。并且全曲没有“解决”。这样的话无法给人心情舒畅的感觉，只能更加压抑。我同样写出了二代（GS版）出现的紫苑镇背景音乐前4小节。经过对比可以发现，GS版的紫苑镇每一小节都是标准的和声配法，前三小节是T, s, d，第四小节是减七，第三小节主旋律的#F也改成了与C调契合度更好的下属音F，并且第一部分最后一个音是落在C上的完美解决。尽管都是8-bit音乐，但GS版给人的听觉效果就很不错。
所以“任天堂为什么给紫苑镇配这么恐怖的音乐”呢？这首先是一个“是不是”的问题。实际上，任天堂（Game Freak）也没有想把这首音乐配得有多恐怖，只是初代的版本不协和音较多，营造紫苑镇本身的气氛（安葬宝可梦的地方，幽灵塔），再加上方波的特点，现在的人一听上去会感觉很不好。如果作为一个游戏玩家，一直听着这种“8-bit”音乐玩到紫苑镇，大多数人也不会觉得这个音乐有多恐怖，更大可能只是会觉得刺耳，不想听。
然后，现在的人总喜欢弄个大新闻，就因为这bgm非要讲一些都市传说，还说有小孩自杀，这都是无中生有的事情。