最常见的牙签材质是木制和竹制,其中以竹制最为常见。竹或木牙签的硬度和韧性都十分适宜,但纤维间松散,稍受力弯折后会形成很多细毛刺,牙龈靠近牙齿的粘膜组织又非常脆弱,使用时需要注意避免伤害到牙龈。 塑料材质牙签更加轻便,硬度足够,但韧性不如木制或者竹制牙签,灵活度一般。通常塑料材质的牙签端口会被设计成扁形,比圆形牙签端口更顺利清洁牙缝而不伤及牙龈。
牙签形状、尺寸大小是影响使用效果的重要方面。其中牙签的尖头形状尤为重要。圆形尖头的牙签是最常见产品,不足之处在于不能很好地贴合牙缝形状,容易压迫到牙龈,造成损伤。三角形尖头的牙签能贴合三角形的牙缝,轻易将残渣剔出,塑料材质的牙签通常设计为扁平的锯齿形状,同样比圆形牙签更容易清除牙缝残渣,扁平的形状更不易伤及牙龈。