无创产前基因检测低风险，并不意味着孩子一定健康。因为目前每一项技术都不能保证100%的全面，无创产前基因检测也有它的局限性，它主要检测胎儿染色体非整倍体，主要是21-三体、18三体及13-三体，还可发现染色体结构异常（如缺失、重复）。为什么是这样呢？一方面是性染色体非整倍体，不论检测技术上还是结果解释都更为复杂，另一方面是临床上其他常染色体非整倍体（除21、18、13-三体及性染色体非整倍体外）存活下来十分罕见，目前，只有十几例9、 22 号染色体三体及几例非嵌合7、8、10及14-三体临床报道。
了解以上内容后，就知道无创产前基因检测对于一些遗传病（如血友病，白化病），是无法检测的。打个比方，如果爸爸患有血友病，想知道胎儿是否有血友病，这时候需要先对爸爸进行基因检测，找出突变位点后，再抽取孕妇的羊水做产前诊断，查看胎儿是否有相关突变位点，但这已然不是无创产前基因检测的范畴了。
还有罗伯逊异位、倒位、嵌合体导致的畸形，非遗传因素导致的畸形，这些也是无创产前基因检测无法发现的。
所以即使无创产前基因检测是低风险，还需做好后续的各项产检，特别是大排畸。