我是武汉大学的本科生，之前也不是很懂二者的区别。后来和学长学姐聊聊就懂了。
我们院这两个专业的区别不是很大，说实话你以后研究啥，跟你的专业没太大关系。你的老师干啥，你一般也会跟着他的研究方向走。
在我们院，管理科学工程和情报学都是信息管理与信息系统这个专业的研究生专业方向。很少老师同时担任这两个专业的研究生导师。所以关键还是你的老师干啥，专业不同最多影响到你学习的课程。其实课程差别也不会太大。
如果你硬要区分二者的区别，那么情报学主要研究信息组织 信息检索 文本挖掘 信息行为 信息构建等与信息管理密切相关的领域。管理科学工程更偏重于信息系统开发管理 电子商务 运筹学 数据挖掘 商务智能等偏经济管理是领域。
名字上看可能管理科学工程要好听点，其实我个人更喜欢情报学，尤其是信息检索和文本挖掘。情报学领域也有很多学者在信息检索，文本挖掘，NLP等领域大有作为的学者。
谈利弊我觉得没啥意义，去企业可能管理科学工程更容易让hr接受。其实内行认识知道情报就是信息的意思。所以情报学的就业也不差的。