（1）卫生消毒 包括清扫、水冲、洗刷、粉刷等。
清扫：将养鸡和孵化环境中的鸡粪、污物、蛛网等铲除、清扫干净，也就清除了大量微生物，余下的微生物无藏身之处，就比较容易清除和杀灭。
水冲和洗刷：要在清扫的基础上进行。有条件的，最好在鸡舍外面设置水池或大缸，不断向其中补水，同时以水泵、软管、喷头为工具，像灭火一般，以屋顶、墙壁、地面、栖架等反复冲洗，边冲、边泡、边刷，达到清洁为止。无此条件的，可向墙下部及地面泼水冲刷。槽具、出雏盘等拿到外面洗刷。
粉刷：以石灰乳粉刷墙壁，可杀死和覆盖微生物。
（2）物理消毒 是利用阳光、紫外线灯、火焰及高温等杀灭微生物。
阳光消毒：槽具、蛋盘、出雏盘、蛋箱、运雏鸡的纸箱及垫草等，分别洗净、擦净、扫净，在阳光下曝晒一至数小时，有强大的杀灭微生物作用。阳光如经过玻璃，则其中的紫外线已被滤去，基本上没有消毒作用。
火焰消毒：鸡舍经清扫、水冲之后，对墙缝及角落，最好再用酒精或液化气喷灯作火焰消毒。
高温消毒：包括煮沸和高压蒸气消毒，适用于小件器械，药瓶等。
（3）化学消毒 是利用各种消毒药品杀死微生物，方法有药液喷洒、药剂熏蒸及药液喷雾等，不论何种方法，均应达到以下五种要求：
药液必须达到规定浓度。
药液的量必须充足。以药液喷洒地面进行消毒时，湿润一下效力甚微，对事先已用清水冲净的水泥地面，每平方米至少要用药液1.5升，不很干净的则要用到3～4.5升。
药液在地面、墙壁及所有被消毒的物体上，要维持浸泡、湿润状态20分钟以上。
消毒时室温及药液的温度应在20℃以上，温度越高，药效越好（少数不能加热的药品如漂白粉等除外）。如果室温和药液温度在10℃以下，则消毒效果很差，加大1倍浓度也只能稍有改善。福尔马林熏蒸消毒也同样要求室温在20℃以上。
必须在清扫、水冲、除去一切污物的基础上进行药物消毒。各种污物，特别是鸡粪，会大大降低消毒药的效力。