因行业差异或角度不同，人们对珍珠有不同的分类方式，大致情况如下：
人们习惯上将海水育珠贝类称为贝，而将淡水育珠贝类则称为蚌。正因为此，人们首先因水域不同将珍珠划分为海水珍珠和淡水珍珠两大类。
1.海水珍珠
海水珍珠又因贝种不同而被分为：海水珠(马氏贝珠、合浦珠)、南洋珠和黑珍珠(大溪地珍珠)3种。
(1)海水珠：即一般所说的海水珍珠。主要产地是日本、中国、越南和缅甸。我国有一些专家将其称为“合浦珠”，因为我国广西的合浦珍珠也产自马氏贝。海水珠直径一般不超过10mm。因为马氏贝本身体型较小，难以生产大粒珍珠。
(2)南洋珠：产自白蝶贝，生长在水温较高的所谓“南洋”水域，因此而得名。因贝体较大，所产珠直径一般在10mm以上，南洋珠主要产地是澳大利亚、印尼、菲律宾、马来西亚以及我国的海南岛。
(3)黑珍珠：珠型较大，直径一般均在7mm以上，产自黑蝶贝。因该贝与白蝶贝的生存条件相似，也有专家将其划为“南洋珠”之中，而分为白色南洋珠和黑色南洋珠。
黑蝶贝与白蝶贝的生存地大致相同。但是，只有玻里尼西亚群岛和塞舌尔群岛的黑蝶贝颜色最黑，因此最适合黑珍珠生产。目前，只有玻里尼西亚的塔希提(大溪地)出产黑珍珠。因为当地的环礁湖最适于黑蝶贝生存，所产珍珠黑而油亮。因此，亦有人将黑珍珠称为“塔希提珍珠”(tahiti Pearl)。
此外，鲍鱼(Haliotidac)及凤螺贝(Calyptracidac)中偶尔也生长出珍珠。因其颜色的艳丽和色彩丰富，亦十分珍贵。此种个案就以其母贝而被称作鲍鱼珍珠、凤螺贝珍珠。这都属于海水珍珠。
2.淡水珍珠
淡水珍珠产生于生长在江河湖泊的蚌体之中。最常见的则是三角帆蚌和皱纹冠蚌两种。因为这两种蚌可以生长十数年，所产珍珠的大小可以从1mm到十几毫米乃至20mm以上。
有些学者依照珍珠在贝类体内的生长状况不分海水和