不具可比性。
九阴真经 是武学大典，包罗万有。从内功到招式，一应俱全。只要稍有武学根基，得到之后都能大有帮助。
而乾坤大挪移 只是心法。没有招式，连内功也不算。没有内功的人学不了，即使有内功的人学满了七层，马上对着绝顶高手也顶不住（光明顶上张无忌是凭着少时的三招两式+现学现卖才勉强顶得住）。
然而，乾坤大挪移的设定是BUG一般的存在，如书中所说：
而乾坤大挪移运劲使力的法门，又是集一切武功之大成，一法通，万法通，任何武功在他面前都已无秘奥之可言。
如果分别是两个普通人或中低级武功者得了这两部宝典，绝对是九阴真经完胜。因为得到乾坤大挪移的人得物无所用。要想法学得高级内功才行。
如果是两个高手级别(杨逍级）的得到得了这两部宝典，要看运气了。九阴真经方如果快攻得手，九阴方胜，如久攻不下，则乾坤大挪移既可借力打力，再加上一法通，万法通的BUG发动，虽然只有一二层，足以拖死九阴真经方。
如果是两部宝典都是修习完成，才开始比武。乾坤大挪移者必然有另一门神功护体，再加上一法通，万法通的BUG，稳立不败之地，取胜只是时间问题。
可详参公子这个答案：
斗转星移、移花接木和乾坤大挪移各自的特点是什么，有强弱之分吗？